Paus Yohanes Paulus II kemudian mengangkat Joseph sebagai Prefek Kongregasi Ajaran Iman pada tanggal 25 November 1981. Setelah itu, posisi sebagai Uskup Agung Munich dan Freising ia tinggalkan.
Kursi Takhta Suci Vatikan kian dekat dengan Joseph usai dirinya diangkat sebagai Wakil Dekan dari Kolese Kardinal.
Pengangkatan ini terjadi pada tanggal 30 November 2002 atas perintah Kardinal Uskup selaku Dekan Dewan Kardinal.
Puncaknya pada 19 April 2005, Joseph Ratzinger diangkat menjadi Paus ke-265. Setelah sidang pemilihan digelar, ia memilih nama Benediktus XVI. Ia saat itu mengundurkan diri dari posisi pemimpin umat Katolik di dunia.
Pada tanggal 28 Februari 2013, Paus Benekdiktus meninggalkan posisi Paus dan digantikan oleh Paus Fransiskus karena kondisi kesehatannya yang semakin memburuk.